En tant qu'association professionnelle du corps médical, la FMH s'investit en faveur d'un système de santé de haute qualité et financièrement supportable, auquel la population pourra faire confiance à long terme. Elle joue un rôle proactif dans la garantie de la qualité médicale, participe de façon déterminante aux structures tarifaires et élabore d'importantes bases dans la recherche sur la fourniture de soins. Tournée vers l’avenir, elle encourage également l’introduction de la cybersanté (eHealth) et se mobilise dans le domaine de la promotion de la santé et de la prévention.